波纹管式换热器的使用，时间长了会残留污垢在上面，影响设备的运行以及使用效果，所以要定时清理维护，常用的清洗方式有机械清洗与化学清洗两种。
1、机械清洗技术
机械清洗是靠机械作用将污垢剥落，可以节省一些化学药物的费用，可以除去化学方法不能除去的炭化污垢和硬污垢，而且避免了化学清洗带来了污染以及排放问题，对设备的腐蚀比较小。但是也存在不足，清洗比较麻烦，而且时间长，耗力较大。
机械清洗的方法可以分为两类：一类是强力清洗法，如喷水清洗、喷汽清洗、喷砂清洗、高压水射流清洗、强力清洗管等。另一类是软机械清洗，如刮刀、钻头或钢丝刷除垢和海绵胶球清洗。对于不同的机械要采用不同的清洗方式。
2、化学清洗技术
化学清洗就是在设备中加入一些除垢剂，与污垢反应，使之从换热面上剥落。化学清洗比较方便，快捷，但是也注意不能将废液直接排出，影响环境。